FFFTPのバージョン1.98fがリリースされていたので、使用してみました。
次の点が改善されているとのことです。
以下「FFFTP改版リスト」より転記。
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 ■Ver 1.98f
 ・選択ダイアログが正常に機能しないバグを修正しました。
 ・アップロード時にタイムスタンプを維持する設定を追加しました。
 ・マスターパスワードを変更する際に現在のマスターパスワードを入力する
  ように変更しました。
 ・ホスト側から外部アプリケーションへのドロップ後、ローカル側に作業
  フォルダの内容が表示されることがあるバグを修正しました。
 ・ソケット切断検出用のパケット送信の間隔を短くしました。
 ・メインウィンドウのソケットでコマンドを送信中にUIのロックが解除されて
  しまう場合があるバグを修正しました。
 ・アスキーモードで転送されるファイルの拡張子を追加しました。
 ・コマンドラインオプションを拡張しました。
 ・FTPS ExplicitでホストがTLSを受け付けない場合に続けてSSLを試すように
  変更しました。
 ・Windows Vista以降で文字列がUTF-8からShift_JISへ変換される時に破損する
  バグを修正しました。
 ・ローカル側のフォルダ内のファイルが変更された時にローカル側のファイル
  一覧を自動的に更新するように変更しました。
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一つ前の1.98eでは、引っかかり感や不安定な動作が気になりましたが、1.98fでかなり改善されています。体感的にも転送速度が速くなった感じがします。
旧バージョンでFFFTPが嫌いになった方も、ぜひ新バージョンを試していただきたいですね。
ダウンロードはこちらです。
http://sourceforge.jp/projects/ffftp/